Folder Marker ile kullanmış olduğunuz klasörlerin ikonlarını değiştirebilirsiniz. Örneğin önemli bir klasörünüz için kırmızı bir klasör ya da uyarı işaretli bir klasör ikonu kullanarak önemli olduğunu hatırlayabilir/hatırlatabilirsiniz. Klasörler için kullanacağınız ikonları internetten indirip program ile değiştirebilirsiniz. Folder Marker'in en önemli faydası klasörlerinizi işaretleyerek olası yanlışlıkla silinmesi ihtimalini düşürmesi denebilir.